[뉴스웍스=허운연 기자] 다주택자가 오는 6월 30일까지 조정대상지역에서 10년 이상 보유한 주택을 팔게 되면 한시적으로 양도소득세 중과가 적용되지 않는다. 또 신성장동력·원천기술 연구·개발(R&D) 대상은 173개에서 223개로 확대된다. 내국인 이공계 우수인력이 국내에 복귀해 취업할 경우 5년간 소득세 50%를 감면해 준다. 

기획재정부는 이 같은 내용의 소득세법 시행령 등 20개 후속 시행령 개정안을 마련했다고 5일 밝혔다. 이는 6일부터 입법예고한 뒤 차관회의와 국무회의 등을 거쳐 2월 중 공포·시행될 예정이다.

개정안에 따르면 먼저 조정대상지역 내 1세대 1주택을 민간임대주택으로 등록한 경우 거주기간과 상관없이 양도세를 과세하지 않았지만 앞으로는 2년 거주요건을 갖춰야 비과세 혜택을 받을 수 있도록 했다. 조정대상지역에서 일시적인 2주택의 경우 신규 주택 취득일부터 1년 이내에 신규 주택으로 전입하고 기존 주택을 양도하는 경우에만 비과세된다.

특히 다주택자가 지난해 12월 17일부터 오는 6월 30일까지 조정대상 지역 내 10년 이상 보유한 주택을 팔면 양도세 중과 적용에서 배제된다. 이는 조정대상지역 내 다주택자의 주택공급을 유도하기 위해 추진된다. 기존에는 2주택자는 10%포인트, 3주택자는 20%포인트의 양도세가 중과됐다.

일반 R&D 세액공제보다 최대 15배의 혜택을 받을 수 있는 신성장동력·원천기술은 173개에서 223개로 확대된다. 반도체·바이오·미래차 등과 첨단 소재·부품·장비 분야가 추가됐다. 이에 따라 12개 분야 223개 기술 R&D에 투자할 경우 대기업은 20~30%, 중견기업은 20~40%, 중소기업은 30~40%의 세액공제 혜택을 받을 수 있다.

이외에도 중소·중견기업이 해외법인 주재원에 지급한 인건비를 손금 산입하고 업무용승용차 손금불산입 적용 제외 대상에 자율주행차을 추가한다.

또 올해부터 외국에서 5년 이상 연구·기술경험을 가진 자연계·이공계·의학계 우수 내국인 인력이 국내에 복귀해 기업부설 연구소나 정부출연연구기관, 대학·대학부설연구소에 취업하면 5년간 소득세 50%를 감면받는다.

경력단절여성 일자리 지원을 위해 경단녀 인정사유를 현행 임신·출산·육아에서 1년 이내 결혼한 경우와 초중고교생 자녀 교육까지로 확대한다. 취업요건도 동일기업에서 동종업종 기업으로 조정한다. 경단녀를 고용한 기업에 대한 인건비 세액공제 요건도 완화돼 중소기업은 2년간 인건비의 30%, 중견기업은 15%를 각각 세액공제 받는다.

한편, 캡슐 맥주와 같은 수제맥주 키트도 법적으로 주류에 포함된다. 기존에는 ‘주정 및 알코올분 1도 이상 음료’만 주류로 인정했으나 앞으로는 원료의 추가 주입 없이 제조용기 안에서 발효돼 알코올 도수 1도 이상의 음료가 된다면 주류로 인정한다. 현행법상 주류가 아니라서 생맥주 가게에서 키트를 팔면 주류 제조를 생맥주 가게에서 한 것으로 보고 해당 가게에서 주류제조 면허를 받아야 하는 문제가 있었지만 이번 조정으로 판로가 확보될 것으로 기대된다. 

또 전통주를 통신 판매하는 경우 과세표준이 판매가격인 소매가격에서 통상가격인 도매가격으로 변경돼 전통주업체의 세부담이 경감될 것으로 보인다.

오는 4월부터는 제주도 지정면세점을 이용하는 관광객의 경우 기존 구매 한도 600달러에 더해 1인당 술 한병과 담배 한 보루를 추가 구매할 수 있게 된다.

정부는 이번 세법 시행령 개정으로 올해 세수가 1800억원 감소할 것으로 추정했다. 신성장·원천기술 대상 적용 확대로 1200억원, 5G시설 투자 세액공제 범위 확대에 600억원, 어업소득 비과세 확대로 200억원의 세수가 각각 줄어들 것으로 전망된다. 반면 휘발유 자연감소에 따른 공제율 감소로 300억원의 세수가 추가 확보될 것으로 보인다.

임재현 기재부 세제실장은 “시행령 개정에도 2020년 세입 예산에 큰 영향을 준다고 보기는 어렵다”고 설명했다.