[뉴스웍스=허운연 기자] 국세청은 올해부터 연구·인력개발비(R&D) 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해주는 제도를 시행한다고 13일 밝혔다.

연구·인력개발비 세액공제는 과학적 진전, 새로운 서비스의 개발, 임직원의 교육 등을 위해 연구소를 운영하거나 타기관과 공동연구하면서 인건비, 재료비 등을 지출한 경우 당해 과세연도의 법인세(소득세)에서 공제 대상 금액을 차감하는 조세지원 제도이다.

연구·인력개발비 세액공제는 기업 입장에서 조세 절감 효과가 큰 반면 세액공제 해당여부나 공제 가능 금액에 대해서는 과세관청과 납세자 간 이견이 많은 항목 중 하나이다.

특히 추후 세무조사 등으로 세액공제가 잘못된 것으로 확인되면 수년간 공제받은 금액에 가산세까지 포함해 추징되는 사례가 발생하는 만큼 납세자에게 큰 부담이 될 수 있다.

이에 국세청은 올해부터 납세자가 신청하는 경우 연구·인력개발비 세액공제 적정 여부를 국세청이 사전에 확인해주는 제도를 시행한다.

연구·인력개발비 세액공제 사전심사를 받고자 하는 내국법인과 거주자는 법인세(소득세) 과세표준 신고 전까지 홈택스, 우편, 방문접수를 통해 신청할 수 있다. 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정비용에 대해서도 사전심사를 신청할 수 있다. 금액제한은 없다.

국세청은 신청인이 수행한 연구·인력개발 활동이 세법에서 규정한 연구·인력개발의 요건에 맞는지, 지출한 비용이 세액공제를 적용받을 수 있는지 여부를 검토하며 서면심사를 원칙으로 진행한다.

신청인이 사전심사 결과에 따라 법인세(소득세)를 신고한 경우 신고내용 확인 대상에서 제외되고 이후 심사 결과와 다르게 과세 처분된 경우 과소신고 가산세가 면제된다. 다만 심사과정에서 부정확한 서류를 제출하거나 사실관계의 변경·누락 및 탈루혐의가 있는 경우는 제외된다.

국세청 관계자는 “향후 제도 운영에 대한 의견을 수렴하고 심사 사례집을 발간하는 등 성실신고를 적극 뒷받침하겠다”고 말했다.