대법원이 국세청의 종합부동산세(종부세) 계산 방법에 문제가 있어서 세금을 돌려줘야 한다는 판결을 내렸다.

대법원 1부(주심 고영한 대법관)는 KT와 한국전력, 신세계, 국민은행 등 25개 기업이 각 관할 세무서장을 상대로 낸 종합부동산세 부과처분 취소청구 소송에서 원고 패소로 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다고 12일 밝혔다.

이번 대법원의 판결에 따라 향후 파문이 어디까지 미칠지 관심이 쏠린다. 이번 판결은 국세청이 준 고지서대로 세금을 낸 개인 납세자 대부분은 환급받을 수가 없다.

하지만 ‘땅부자’ 대기업들만 세금을 돌려받을 수 있어 형평성 논란이 불거질 것으로 보인다. 또 종부세를 냈던 다른 기업들의 줄소송으로 번질 것이라는 예상된다.

종부세는 과세기준일인 매년 6월 일정 가액을 초과하는 주택·토지 보유자를 대상으로 그 부동산 가액을 과세표준으로 삼아 거두는 국세다.

참여정부 시절인 2005년 처음 시행됐다. 지방세로 재산세를 내는 데도 재산세 성격의 국세를 또 납부해 억울하다며 소수 부동산 부자들을 중심으로 반발이 거셌다.

2008년 말 종부세 시행규칙 개정으로 재산세 금액을 공제한 뒤 종부세를 부과토록 했지만 이중과세 논란은 계속돼 왔다.

이번 소송전은 KT 등 35개 기업이 “2009년 이후 거둬들인 종부세 가운데 일부가 이중과세에 해당하므로 돌려 달라”며 국세청을 상대로 227억원대의 종부세부과처분취소청구소송을 제기하면서 시작됐다.

2005년부터 시행된 종부세는 처음부터 같은 부동산에 재산세와 함께 세금을 두 번 매긴다는 이중과세 논란이 컸다. 이에 정부는 2008년 말 시행규칙을 바꿔서 종부세 과세 금액에 매겨진 재산세를 빼주기로 했다.

하지만 재산세 산정 방식에 대해 기업과 국세청의 해석이 달랐다. 대기업들은 여전히 이중과세라고 주장했고, 결국 소송으로 이어졌다.

이번 판결과 관련해 국세청은 당혹감 속에 파기환송심에서 기획재정부와 협의해 대법원 판결로 재산세가 오히려 과다 공제된다는 문제를 설명하기로 했다. 파기환송심에서 진다면 재상고를 하는 등 적극 대응할 방침으로 알려졌다.

종부세는 국세청이 고지하는 대로 내지만 세금이 생각보다 많으면 납세자가 스스로 계산해 신고할 수 있다.

자진신고 방식으로 땅을 많이 보유한 대기업이 주로 썼다. 자진신고를 했다면 세금을 신고한 지 3년 안에 소송을 걸거나 경정청구를 할 수 있다.

반면 개인은 국세청 고지서대로 세금을 내는 경우가 대부분이다. 고지서를 받고 90일 안에 국세청에 이의를 제기해야 세금을 돌려받을 수 있다. 종부세는 매년 11월 중순에 고지되기 때문에 소송을 걸거나 경정청구를 할 수 있는 기간이 끝났다. 세무대리인을 고용해 자진신고한 임대사업자 등 다주택자는 소송을 제기할 수 있다.

이번 판결로 종부세를 낸 다른 대기업들도 2012~2014년에 낸 종부세에 대해 소송을 제기할 가능성이 높아졌다.

하지만 세청이 준 고지서대로 세금을 낸 개인 납세자 대부분은 환급받을 수어 형평성 논란이 불거질 것으로 예상된다.